Chercheur très actif dans le domaine, il est l'auteur de nombreux ouvrages de référence, dont l'incontournable "Les psychothérapies comportementales et cognitives" (Eds Elsevier-Masson). Le docteur Cottraux est également l'auteur de plusieurs questionnaires et échelles psychométriques ou de leur adaptation en langue française.
Il a été président de l'Association Française des Thérapies Comportementales (AFTCC) et de l'European Association of Behaviour and Cognitive Therapy (EABCT), il est directeur scientifique à l'institut francophone de formation et de recherche en thérapies comportementales et cognitives (IFFORTHECC).
Le Dr Cottraux a conçu avec le Dr Cungi de nombreux modules de formations aux TCC disponibles en e-learning via le site "TCCFomation".